Гинтама: Сказание о Бэнидзакуре

События разворачиваются за двадцать лет до начала оригинальной игры. Главный герой слышит в своей голове голос, призывающий его на помощь. После этого он оказывается перенесенным в другой мир. Этот мир разделен между двумя государствами, которые ведут длительную войну за контроль над особыми источниками энергии, необходимыми для их выживания.

Лидеры враждующих стран заключают временное перемирие, чтобы остановить разрушения, однако соглашение остается неустойчивым. Оказавшись в центре этого конфликта, главный герой понимает, что его судьба связана с политическими интригами. Его присутствие в этом мире оказывает влияние на будущее обеих сторон, и от его действий может зависеть исход войны. Герой находит союзников, стремящихся изменить ситуацию, а также сталкивается с теми, кто пытается использовать его в своих интересах.